細胞的體外培養需要理想的氣體環境，氧氣、二氧化碳是細胞生存的必要條件。氧氣參與細胞的三羧酸循環，為細胞生存、代謝與合成提供能量；二氧化碳既是細胞的代謝產物，是細胞生長的必需成分，又與維持培養液的pH有關。大多數細胞適宜的pH范圍往往是7.2～7.4。在開放式培養中，以5%的二氧化碳氣體比例為宜。 二氧化碳不僅是細胞生長的必需成分，還與維持培養液的pH有關。
凡混入細胞培養環境中對細胞生存有害的成分和造成細胞不純的異物都應視為污染，細胞污染不能完全被消除，但能減少其發生的頻率和后果的嚴重性。
下面介紹幾種常見的細胞污染類型及處理方法。
一、常見污染類型：
細菌污染：
特征：大小在0.5~5 μm，比動物細胞小很多。多呈球狀或桿狀，形態規則，分布均勻；增殖速度快，一般污染后48~72小時爆發式增殖；營養消耗快，培養基很快變黃，變渾濁；鏡下觀察有明顯的定向運動。
處理方法：輕度污染可用10X雙抗清洗處理，重度污染建議消殺后丟棄。
真菌污染：
特征：呈鏈球狀或絲狀。常形成肉眼可見的菌落，培養基顏色無變化或變紫，僅對局部細胞影響較大，其他地方生長正常。會形成孢子，容易污染其他細胞。
處理方法：真菌污染較難根除，不建議保留，建議消殺后丟棄。
支原體污染：
特征：最小的微生物，無法通過光學顯微鏡看見，但可通過電鏡觀察到。感染支原體的細胞，在某一時間點碎片突然增多，隨著傳代，細胞狀態顯著變差。支原體污染可通過氣溶膠傳播，影響同一細胞房其他細胞。
鑒定方法：PCR法、顯色法、熒光染色法等。
處理方法：若細胞狀態尚可，添加支原體抑制劑培養2-3代可轉陰；若細胞狀態很差，建議消殺后丟棄。
黑膠蟲污染：
特征：無明確定義，鏡下無法直接觀察到。主要表現為細胞狀態差，黑點和碎片多，布朗運動。通過檢測發現主要為支原體污染，部分為未知的增殖不明顯的微生物污染。
處理方式：若細胞狀態尚可，添加黑膠蟲/支原體抑制劑培養2-3代可轉陰；若細胞狀態很差，建議消殺后丟棄。
細胞交叉污染
特征：即不同的細胞混雜在一起
二、鑒定方法：
同種屬：STR鑒定，多等位基因數大于3個。
（需考慮本身的遺傳背景，如EA.hy 926為融合細胞，本身就包含兩套遺傳信息）
不同種屬：PCR法，對種屬特異性基因進行擴增，不同種屬產物大小不同。
處理方法：建議重新引種。
三、細胞污染后的處置：
細胞一旦發現有污染出現，應及時對所用試劑和耗材進行清理。耗材可更換新的或者重新高壓滅菌，試劑可重新過濾除菌或者更換新批次，操作臺和細胞房需用消毒液進行全面清潔消殺后方可復蘇新的細胞，以免反復出現污染。
四、細胞污染的預防：
①實驗用品防止污染。細胞培養所用試劑、耗材、器材的清洗、消毒要徹底，各種溶液滅菌要仔細，并在無菌實驗檢測陰性后才能使用。操作室及剩余的無菌器材要定期清潔、消毒、滅菌。
②操作過程防止污染。
③穿著容易起靜電或吸附灰塵的衣物必須更換為白大褂后才能進入細胞間。
④實驗開始前需要確定戴的手套沒有問題，只要接觸過生物安全柜之外的物品，必須及時對手套進行消毒。
⑤不要從敞開的容器口上方經過，以避免衣服上掉落不明物體對細胞的污染。
⑥細胞操作時動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開瓶口，并將瓶口放在火焰周圍簡單轉動燒灼，注意不要讓火焰把塑料瓶口燒化。
⑦瓶蓋應當倒放在遠離自己的地方，以避免瓶蓋被誤操作所污染。
